Werther liegt im Ravensberger Hügelland am Nordrand des Teutoburger Waldes. Die Stadt grenzt teilweise mit Niedersachsen. Größtenteils besteht das Stadtgebiet aus landwirtschaftlich genutzter Fläche und Waldfläche. Außerdem ist das Stadtgebiet Teil des Naturparks TERRA.vita, ehemals Naturpark Nördlicher Teutoburger Wald-Wiehengebirge.
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